O Sistema de Proteção da Amazônia (SIPAM) divulgou o Boletim Climático da Amazônia para o trimestre março, abril e maio de 2016. Nele se reforça que há consenso sobre a persistência do fenômeno El Niño no decorrer do trimestre, mas também do seu gradual enfraquecimento. Com esta configuração oceânica a atmosfera deve ainda manter as condições desfavoráveis para a ocorrência de precipitação em parte da Amazônia.

O Boletim de número 136 traz como prognóstico climático sazonal, para a Amazônia Legal, que as chuvas devem ficar abaixo dos padrões climatológicos nos estados de Roraima, Maranhão, Amapá (exceto na porção sul-sudeste), centro-norte e nordeste do Amazonas, no centro e norte de Rondônia, no noroeste, norte e nordeste do Mato Grosso, nas mesorregiões Paraense sudeste, sudoeste e do Baixo Amazonas e no Tocantins (exceto na porção sul-sudeste).

As regiões onde devem cair mais chuva e ficar ligeiramente acima do padrão climatológico são o Estado do Acre, o oeste, sudoeste e sul dos estados de Rondônia e Mato Grosso. Já nas demais áreas, a previsão é de chuva dentro dos padrões climatológicos.

Em relação às temperaturas, devem permanecer acima da média do período no centro e norte do Amapá, Maranhão, centro-sul do Pará, além das porções centro e norte do Tocantins, Roraima, Acre, Rondônia, Mato Grosso, e no centro-norte e nordeste do Amazonas.

De acordo com os meteorologistas do Centro Regional de Porto Velho (CR-PV), o Sipam não realiza previsão para as regiões onde estão as nascentes  dos rios que formam o Rio Madeira, em especial a Bolívia e o sul do Peru. Mas conforme os prognósticos dos modelos estatísticos e dinâmicos, para os próximos meses, os volumes de chuva serão mais significativos sobre a bacia do Rio Madeira, indicando que, mesmo ainda de forma irregular, as chuvas começam a adquirir comportamento típico da estação chuvosa, mantendo o rio dentro dos padrões climatológicos.