As apurações apontam que o crime foi planejado, monitorado e executado por um grupo organizado, possivelmente motivado por um acerto de contas ligado a fatos criminosos anteriores. Jhonatan foi morto a tiros dentro de casa, enquanto estava com a esposa e os filhos.

Durante a Operação Fuligem, os policiais cumpriram sete mandados de busca e apreensão e localizaram uma pistola calibre 9mm com munições, possivelmente a mesma que foi utilizada na execução da vítima.